即便是被公认的绝后最强阵容也存在不可忽视的弱点。这类阵容通常依赖高爆发输出或特定侠客的合璧技能，但过度集中资源会导致整体容错率下降。例如以西门吹雪为核心的阵容虽然拥有瞬间爆发能力，但若前排坦克无法有效吸收伤害，后排主力极易被敌方控制或集火秒杀。这类阵容对侠客养成度要求极高，若关键侠客未达到理想培养状态，整体强度会大幅下滑。
另一个显著弱点是缺乏应对多场景的灵活性。绝后阵容往往针对特定战斗环境设计，在血战、论剑等不同玩法中表现差异明显。以李寻欢为主力的飞刀流阵容在速攻场合表现出色，但遇到持久战或群体消耗战时，其单体爆发的局限性就会暴露。依赖特定侠客联动的阵容一旦被拆散关键缘分，属性加成将大打折扣。部分阵容需要3-4个侠客同时上阵才能激活核心加成，这种刚性配置在面对针对性布阵时容易陷入被动。
治疗与续航能力的不足也是常见短板。多数绝后阵容追求极致输出，仅配置单一辅助侠客甚至完全舍弃治疗。当战斗超过三回合后，团队状态难以维持，尤其面对持续伤害或debuff时更为明显。某些阵容虽然配置了治疗侠客，但因其天赋技能触发概率不稳定，实际战斗中可能出现治疗真空期。这种设计缺陷在对抗拥有AOE能力的敌方阵容时尤为致命。
控制链的缺失同样制约着绝后阵容的发挥。顶级阵容往往忽视控制类侠客的配置，导致无法有效打断敌方关键技能。当遭遇先手控制型阵容时，缺乏反制手段的核心输出位可能全程无法行动。部分绝后阵容的侠客速度属性分配不合理，容易出现输出节奏脱节的情况。速度差异过大会导致合击技能无法同步释放，大幅降低预期伤害效果。
培养绝后阵容需要极端倾斜资源，这会导致其他侠客养成度严重不足。当游戏环境发生变化或出现新克制关系时，阵容调整空间极其有限。某些阵容还存在装备类型高度重叠的问题，例如多个主力侠客都需要同类型武器，导致关键装备供不应求。这种资源瓶颈会随着游戏进程推进而愈发明显。
